Первый в этом месте храм, у стены на южной окраине Белого города, был возведен предположительно в 1671 году. Церковь строилась по случаю мирной сдачи Астрахани бунтовщиками Степана Тимофеевича Разина (Стеньки Разина).
Восстание Разина 1670—1671 годов было крупнейшим в истории допетровской России. Были заняты Астрахань, Царицын, Саратов, Самара, а также ряд второстепенных крепостей. Отряды восставших блокировали Волгу, тем самым перекрыв важнейшую хозяйственную артерию России. Бунт перерос в масштабное военное столкновение между войсками крестьян и казаков и царскими войсками, окончившиеся поражением восставших.
В ноябре 1671 года к Астрахани подошли царские войска во главе с воеводой боярином Иваном Богдановичем Милославским. После долгих переговоров восставшие решили сдать город мирно, на условиях помилования. И 27 ноября 1671 года (в день празднования иконы Божией Матери «Знамение» по старому стилю) царские войска вошли в город. Построенный в честь этого события храм был деревянным. Через 80 лет, в 1751 году, он был перестроен в камне.
Икона «Знамение» одна из наиболее почитаемых в русском православии. Она показывает образ Богородицы с молитвенно поднятыми руками (в традиционном жесте заступнической молитвы) и с изображением Божественного младенца на груди.
К концу 19 века храм обветшал и было принято решение возвести новый. Разработка проекта была поручена архитектору Сергею Ивановичу Карягину. Работы по разборке старого храма и постройке нового вёл подрядчик И.А. Храмов.
Церковь была возведена в довольно короткий срок с 1899 по 1903, фактически за три года. Храм строился на пожертвования по сборным книгам и от отдельных лиц. Наиболее крупными жертвователями были: Х.Н. Хлебников, В.И. Бажанов, Н.Н.Ильин, Т.Ф. Евдокимов, О.О. Ильина с сыновьями, Н.П. и Н.Т. Ковалёвы, И.Н. Рукавишников, И.Ф.Скрепинский, П.П. Вейнер, Астраханская Городская Дума и Астраханское Общество взаимного кредита[1].
Новый пятиглавый храм, довольно крупных размеров, был выполнен в псевдорусском стиле и имел высокую двухярусную колокольню, решенную в стиле московских церквей 17 века[1].
Улица на которой располагается храм, ныне называется улицей Ленина, но её прежнее, историческое название — Знаменская улица, которое она получила в честь Знаменской церковь.
После установления советской власти церковь продолжала действовать до 1924 года, после чего перешла к обновленцам (участники раскольнического движения в православной церкви)[2].
В 1930 году по решению горсовета (от 2 февраля 1930 года) здание церкви было передано под центральный клуб пионеров, но вскоре горсовет изменил решение, указав перевести сюда строительный учебный пункт. Были разобраны завершение церкви и колокольня. Но в итоге помещения использовались как склад зерна и в скором времени бывшее церковное здание приспособили под хлебозавод, который действовал здесь до последнего времени.
Восстановление храма в честь Божией Матери «Знамение»
В 2019 году, согласно постановления губернатора Астраханской области И.Ю. Бабушкина, здание храма было передано Русской православной церкви. В марте 2020 года на южной стене храма, выходящей на улицу Ленина, была установлена икона «Знамение» размером 2,5 на 3 метра.
22 августа 2020 года в храме состоялась первая, после возвращения церкви верующим, Божественная литургия.
