Храм был построен в 1907 году известным астраханским благотворителем – купцом Иваном Ивановичем Губиным как семейная усыпальница купцов Губиных. Освящение его состоялось 29 августа 1907 года ректором астраханской духовной семинарии архимандритом Иоанном (Левицким). Здесь в специально устроенном под алтарём склепе и похоронен устроитель храма – Иван Иванович Губин.
Назван храм в честь небесного покровителя Ивана Ивановича, родившегося в день Усекновения Главы Иоанна Предтечи. Это каменная, однопрестольная церковь. Богослужения в храме совершались только летом (так как он не отапливался) и только по особому заказу купцов Губиных.
После революции 1917 года Иоанно-Предтеченский храм практически не использовался. Прибывший в Астрахань в декабре 1943 года Астраханский архиепископ Филипп (Ставицкий) стал добивался его возвращения епархии и открытия её для богослужений. Но только в 1949 году, в связи с приездом в Астрахань Святейшего Патриарха Московского Алексия І местные власти зарегистрировали кладбищенскую церковную общину.
